负责人事、劳资、宣传、外事、安全、保密、行政、文秘、离退休人员管理等工作及规章制度建设；负责局(中心)党群和纪检监察工作；承办重大会议的组织、综合性文件的起草。

二、 计划处

组织编制基建计划；负责制定基建项目的相关政策和办法，并监督实施；负责基建项目的立项工作及计划管理工作；归口行业防汛度汛水利基金、特大防汛费的管理工作；负责基本建设的统计工作；参与和协调行业发展中长期规划和专项规划的编制工作。

三、 财务处

负责编报局财务预、决算；负责机关财务日常管理工作并定期进行财务分析；负责局所属单位的财务监管工作；负责局水利基金的申报工作，并监督实施；负责局合同管理，项目、招投标和政府采购的监管工作；负责对水文行业在部门预算、事业收支、人员定额方面的相关指导工作。

四、 水文站网处

组织拟定水文政策和法规；归口管理水文站网；组织编制全国水文发展规划及站网、站队结合规划并监督实施；归口管理水文资料，负责向国外提供水文资料的审查；负责国际河流涉外水文业务；承担水文统计工作。

五、 水文监测处

组织指导全国水文监测、水文测报设施建设，水文仪器设备更新改造及水文自动测报系统建设工作；负责行业水文资料业务和质量的管理；组织拟定水文测验技术标准并贯彻实施；组织协调水文数据库建设和管理。

六、 水情处

组织指导全国水文情报预报工作；组织拟定水文情报预报标准并贯彻实施；组织提供中央防汛抗旱所需的水情信息和全国重点防洪地区、重要大型水库、湖泊的水文分析预报、调度计算成果；负责中央报汛工作的管理。

七、 水资源监测与评价处

组织编制水资源(包括地下水)监测站网规划并监督实施；组织拟定地下水监测技术标准；协同组织全国水资源调查评价工作；组织开展水资源预测预报；参与组织编制?中国水资源公报?(水量部分)。

八、 水质监测与评价处

组织指导全国水质监测、调查与评价；组织编制全国水质监测站网规划并监督实施；组织拟定水质监测技术标准；参与组织编制?中国水资源公报?(水质部分)。

九、 气象处

负责提供中央防汛抗旱所需的气象信息和重点防洪地区的短期降水天气预报。

十、 通信管理处

组织编制全国水利通信网络规划；指导全国水利通信网络的建设；归口管理中央防汛抗旱通信系统的建设、运行；负责组织?水文自动测报系统规范?的修订；承担水利部无线电管理委员会办公室的日常工作。

十一、信息化处

组织拟定水利信息网络规划；归口管理水利基础数据库规划和建设；组织水利信息资源的开发；归口管理中央防汛抗旱信息系统和水利信息网络中心建设、运行；承担水利部信息化领导小组办公室的日常工作。

十二、科技教育处

归口管理技术标准规范；归口科技项目的申报、技术鉴定管理工作；组织科研攻关和成果的推广应用；负责科技动态报导与信息交流；指导行业职工培训；负责编辑《水文》杂志。