水利部1999年11月10日《关于水文局（水利信息中心）“三定”方案的批复》（人教劳[1999]83号），水文局（水利信息中心）的主要职责：
（一）负责全国水文行业管理；组织拟定水文管理的政策、法规和全国水文发展规划并监督实施。
（二）受部委托负责水利系统通信的行业管理；承担全国水利通信网络规划的编制工作，指导全国水利通信网络的建设；承担为中央防汛、抗旱服务的通信系统的运行管理工作。
（三）受部委托负责全国水利系统计算机应用的行业管理；会同有关部门组织水利信息化规划的编制工作；指导水利信息化业务建设；承担水利信息网络中心和为中央防汛、抗旱服务的信息系统的建设和运行管理。
（四）提供政府防灾减灾决策的有关水文方面的技术支持，组织指导全国水文测验、情报和预报工作。
（五）组织拟定并监督实施国家水文站网规划；负责部属水文站网的建设与管理；审核国家水文大中型项目的立项；指导水文测报设施现代化建设。
（六）拟定有关水文、水质、水利通信与信息化的技术标准并监督实施；负责水文基础数据库的规划与开发应用工作。
（七）组织拟定和监督管理水文、水利通信预算计划，会同有关部门拟定和监督管理信息化预算计划。
（八）负责水文水资源勘测调查评价资格认证；负责水文资料使用审定，监督水文资料管理；组织编制洪水影响评价报告。
（九）组织指导全国江河湖库及地下水水量和水质的监测、分析；组织指导省界水量、水质的监测；协同组织水资源调查评价工作，参与组织编制《中国水资源公报》。
（十）负责国家级防汛抗旱所需水文信息的收集、处理、监视；负责全国重点防洪地区和重要大型水库、湖泊的暴雨、洪水监视及分析预报。
（十一）组织水文及水利气象、通信、信息化技术的重大科研攻关、技术交流、人员培训和科技成果的推广应用；指导协调全国水文教育、安全生产、水文行业精神文明建设及宣传工作。
（十二）参与政府间水文的合作与交流；审批出境水文资料。
（十三）承办水利部交办的其他事项。
内设机构：根据上述职责，设置11个处：综合处（人事处、党委办公室）、计划财务处、水文站网处、水文监测处、水情处、水资源监测与评价处、水质监测与评价处、气象处、通信管理处、信息化处、科技教育处（水文编辑部）。
人员编制：核定事业编制160人。其中：局级干部职数共6名，处级干部职数共30名。
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